Тайные знания ситхов позволили Палпатину сохранить свою душу и вселиться в тело клона. Через 7 лет после Битвы при Эндоре Палпатин вновь встает во главу Империи и приводит её к почти полной победе — имперские силы вновь захватывают Корусант, и Император похищает Люка Скайуокера в надежде переманить его на Тёмную сторону Силы. Пытаясь разрушить планы Палпатина изнутри, Люк принимает его сторону, но Тьма всё больше затягивает его. Ему действительно удаётся остановить вторжение Империи на Мон Каламари, но самого его почти постигает судьба Дарта Вейдера. Люк неоднократно пытается восстать, однако ему ни разу не удавалось убить императора. Его сестра Лея Органа помогает Люку вернуться к Свету и уничтожить корабль Палпатина, гигантский супер-разрушитель «Затмение», и его самого путём перенаведения Силового Шторма, но и это не окончательная победа над ситхом.
Вернувшись в новом клоне, Палпатин построил Галактическую Пушку и новый Звёздный Разрушитель — «Затмение II», и начал снова наращивать силы. Но, несмотря на это, он снова начал слабеть.
Ситх постоянно возрождается в клонированных телах, однако эти тела быстро деградировали. После посещения Коррибана духи ситхов предложили ему воплотиться в теле новорождённого сына Леи и Хана Соло — Энакина Соло. Однако совместные усилия Люка, Леи и прочих джедаев приводят к почти окончательной победе над Дартом Сидиусом.
Хотя многие ситхи и джедаи, в том числе сам Люк Скайуокер, считали, что Палпатин не погиб, а лишь отступил, и его дух скоро вернётся в новых силах.