Не знаю как на Коммодах, а на Спеки, по уму, используется небольшая программа копировщик. С исходной кассеты программа которую необходимо скопировать грузится в RAM, естественно без запуска, после чего сливается на пустой носитель без потери качества "звука".
Это если в двух словах, а вообще там целая индустрия защиты от копирования и методов борьбы с ними. Используются пилот-тон нестандартной длинны, файлы без заголовков, хитрые загрузчики на ASM с весьма альтернативными методами работы, файлы превышающие объем оперативной памяти и еще чертова туча изящных решений.